1912年1月1日，中華民國臨時政府成立。此時英斂之身體漸衰，加之不久袁世凱掌權，不免心灰意懶，不願再拋頭露面。
1912年2月23日《大公報》改印「中華民國」年號，同日刊登「告白」:「本館總理英斂之外出，凡賜信者俟歸時再行答覆。」從此，他偕夫人來到北京，隱居香山靜宜園。
1912年9月，聯名馬相伯上書羅馬教廷，請求教宗委派品學俱佳的傳教士來華創辦天主教大學，以發揚中國固有文化並介紹世界新知識。英、馬這次上書雖然受到羅馬教廷的重視，但未及教廷有所行動時，第一次世界大戰爆發了，此事不了了之。
英斂之上書後不久即開始籌備開辦學校。1913年，他在香山創辦了輔仁社。在學生離開輔仁社時，英斂之均會贈予每位同學一封紀念書，作為臨別贈言，勉勵學生要繼續研習國學、不忘傳統文化，飽含了對學生們的殷殷希望。陳垣1917年去香山拜訪英斂之時，撰寫了《元也里可溫考》，在英斂之的鼓勵下並經馬相伯的點定後，陳垣將此文付梓出版。該書印行，陳垣自此一鳴驚人。
1913年2月，英斂之攜妻兒來到海澱區溫泉鎮，信口吟詠起杜甫的詩：「坦腹江亭暖，長吟野望時。水流心不競，雲在意俱遲。」隨後，英斂之題寫榜書「水流雲在」四字，下面題註：「英斂之偕內子淑仲小兒千里遊此偶取杜句寄意時宣統退位之次年正月也」。
1916年，英斂之將《大公報》售予王郅隆。
1917年，北京和河北發生大水災，殃及103個縣600多萬百姓，英斂之在《大公報》主辦的遊藝大會上天天登台募捐，這是英斂之與《大公報》的最後一次聯繫。水災平息後，200名孤兒無人認領，民國總統徐世昌便與前清皇室內務府商量，將皇家靜宜園撥給熊希齡和英斂之，營建慈善學校。英斂之每年冬天都要募集賑款，在香山開粥廠，賑濟貧苦百姓，贏得了廣泛的社會好評。
1920年，英斂之又在香山設立靜宜女學，教學生「學文」，宣傳天主教。此時，英斂之抱病再作《勸學罪言》和《覆友人駁勸學罪言書》，倡導學習中國語言文字的重要性，他抗議道：「本國人不通本國文字，何以接人，何以應事？論其效果，不過自絕於高尚社會，自屏於優秀人群而已。」
1925年初，針對當時教會中盛行的「讀中國書無用」等怪論，英斂之與馬相伯等人的反覆籲請終於得到教廷的重視，教宗庇護十一世接位後，認為中國當此危急存亡之機，提倡道德、培植人才已經刻不容緩，美國本篤會在北京創辦了天主教輔仁大學。英斂之是第一任校長。「輔仁」意指培養仁德，語出《論語‧顏淵》，它反映了英斂之弘揚中國傳統文化的決心。
1926年1月10日英斂之因病逝世，享年59歲。
